Sobre la base de que la organización del trabajo busca la eficiencia y la calidad en la producción y en los servicios, la universidad espirituana adopta una nueva estructura organizativa, que se desglosa a continuación.
RECTORADO
- OCIC
- Grupo de Asesoría Jurídica
- Secretaría General, Ingreso, Ubicación Laboral y Archivo
- Unidad de Ciencia e Innovación (CEEPI)
- Departamento de Auditoría
- Departamento de Cuadros
- Departamento de Marxismo-Leninismo e Historia
VICERRECTORADO PRIMERO
- Dpto de Defensa, Seguridad y Protección
- Dirección de Organización, Planificación y Calidad
- Grupo de Gestión de Calidad
- Grupo de Planificación y Organización
- Dirección de Recursos Humanos
- Grupo de Seguridad Informática
- Puesto de Dirección
VICERRECTORADO 1
- Dirección de Formación del Profesional
- Dirección de Extensión Universitaria
- Departamento de Enseñanza Militar
- Centro de Idiomas
VICERRECTORADO 2
- Dirección de Ciencias, Técnica y Posgrado
- Grupo de Educación de Posgrado y Superación
- Grupo de Ciencia, Tecnología e Innovación
- Grupo de Grado Científico
- Dirección de Relaciones Interinstitucionales
- Grupo de Comercialización y Exportaciones
DIRECCIÓN GENERAL 1
- Dirección de Contabilidad y Finanzas
- Dirección de Logística
- Dirección de Mantenimiento e Inversiones
- Grupo de Mantenimiento de Equipos
- Dirección de Planificación y Estadística
DIRECCIÓN GENERAL 2
- Dirección de Servicios Generales
- Departamento de Transporte
- Departamento de Alimentación
- Departamento de Residencia Estudiantil
DIRECCIÓN GENERAL 3
- Departamento de Redes
- Departamento de Tecnología Educativa
- Centro de Recursos para el Aprendizaje y la Información (CRAI)
- Grupo de Comunicación Institucional
- Grupo de Gestión Documental y Archivo
FACULTADES (Los departamentos docentes de cada una de ellas, se mantienen con la misma nomenclatura y organización).
- Ciencias Agropecuarias
- Humanidades
- Ciencias Pedagógicas
- Cultura Física
- Ciencias Técnicas y Económicas
CUM (En estos desaparecen los jefes de departamentos y se nombran subdirectores)
- Trinidad
- Fomento
- Cabaiguán
- Taguasco
- La Sierpe
- Jatibonico
- Yaguajay